载体DNA的保护伞——Plasmid-Safe™ ATP-Dependent DNase

酶是生物体非常重要的一类蛋白质，之前小达君给大家安利了Lucigen的RNase R（RNase R——RNase家族的“外貌协会成员")、CircLigase™ II ssDNA Ligase（“单链DNA环化连接酶——CircLigase™ II ssDNA Ligase”）和Fast-Link™ T4 DNA Ligase (五分钟完成粘末端连接？Fast-Link™ DNA Ligation Kit，您值得拥有！)，今天继续给大家介绍一款特色的DNA外切酶，以去除Fosmid等文库纯化过程中细菌基因组DNA的污染，一起来了解下吧~

Plasmid-Safe™ATP-Dependent DNase在弱碱性pH值条件下，能消化线性双链DNA为脱氧核苷酸。它对于环状或线性单链DNA效率较低，并且对于缺口或闭环的双链DNA或超螺旋DNA没有活性。

在质粒，粘粒和BAC克隆载体等载体DNA的制备过程中，使用碱裂解法会产生细菌染色体DNA片段的污染。如果使用某些方法没有有效的去除污染DNA，那么污染的DNA会连接入克隆载体导致假阳性，高背景或错误的测序结果。实验室常规方法，如纯化柱或氯化铯离心不能有效的去除这些污染，因此还需要进一步的纯化。而Plasmid-Safe™ ATP-Dependent DNase可以选择性的去除质粒，粘粒和BAC克隆载体制备中污染的细菌染色体DNA（图1）。因此，Plasmid-Safe™ ATP-Dependent DNase是纯化质粒，粘粒和BAC克隆载体的理想选择。 

应用：

• 在大规模质粒，粘粒和BAC克隆载体制备中去除污染的细菌染色体DNA

• 消化线性DNA而不消化带切口或闭环的dsDNA或超螺旋DNA（质粒，fosmid等）

• 用作质粒，粘粒，fosmid，BAC载体和克隆制备物的最终纯化步骤

• 保护环状dsDNA

测试结果：

△图1. 从质粒制备物中去除污染的基因组DNA效果图

泳道1：3ug的Sma I消化的细菌染色体DNA；

泳道2：500ng的未被切割的质粒DNA；

泳道3：Plasmid-Safe™ DNase处理前，3ug的消化的染色体DNA和500ng未消化的质粒DNA；

泳道4：Plasmid-Safe™ DNase处理后的染色体DNA和质粒DNA混合物；

泳道M：Kilobase ladder；

△图2.消除产生白色菌落的线性DNA

3ug的EcoR I消化的细菌基因组DNA中加入2ug含有lacZ的超螺旋质粒载体。取一半混合物用Plasmid-Safe™ DNase处理；另一半不处理，作为对照。待Plasmid-Safe™ DNase热灭活后，将DNA用EcoR I处理，然后用T4DNA连接酶连接过夜，并转化到感受态细胞中，铺至含有IPTG/X-gal培养基上。用Plasmid-SafeDNase处理的DNA，只有1-3％菌落呈白色，而对照DNA白色菌落数大于50％。利用Plasmid-Safe™ DNase能消除几乎所有的线性DNA。

产品信息：

美国Lucigen公司成立于1998年，提供各类用于分子生物学相关产品，可以使研究者成功克隆较难克隆的基因，其在2016年收购了Illumina旗下Epicentre产品线。目前产品类别主要包括：体外转录、基因克隆（BAC克隆试剂盒）、感受态细胞（TG1噬菌体文库构建感受态）、体外扩增、转座子突变、蛋白表达、文库构建等。