【CoE板块】赶紧收藏！开展流式实验必备的网络神器 —— OMIP_ISAC

这年头我们都被AI科技的快速发展推着往前走，作为漫漫科研路上的莘莘学子，不借点网络技能提升工作学习效率都对不起自己的劳动成果。所以，本期CoE中心不谈实操，不谈数据，只谈一款对大家200%有用的网络资源——OMIP_ISAC，相信您只要了解了该资源，便从此离不开它。

【什么是OMIPs】

OMIPs，全称为optimized multicolor immunofluorescence panels，自2011年起，在国际流式细胞术学会（ISAC）旗下的《Cytometry PartA》杂志上正式出版。该系列的每一篇文章为经过充分测试和验证，能应用于特定细胞表征或免疫反应评估的多色免疫荧光面板；每篇文章正文内容占页较少，但包含十分丰富的补充材料以说明技术流程和实验条件细节，包括但不限于面板设计目的、抗体克隆号选择、用量滴定、荧光素搭配等，旨在为广大科研学者提供一套参考价值高、可重复性的方案。截止目前，该系列已刊登至OMIP-109（一套含45色指标的深入分析人PBMC样本细胞亚群的面板），其中大部分覆盖传统流式细胞术（88篇），其余分别覆盖全光谱流式、质谱流式、成像流式等流式技术；另一方面，文章还涵盖人、小鼠/大鼠、非灵长类、牛、猪等不同物种的生物样本。

图1：OMIPs系列文章在应用领域、物种和指标数量的统计数据（数据源自OMIP_ISAC网页公开数据）

当我们点开一篇OMIP的时候，不要惊讶于正文内容只有寥寥几页，精华部分都在Supporting information。因此，同步下载支持文件辅助阅读才是正确打开OMIP的方式，如下图示，在OMIP-109的文章界面下方有Supporting information一栏（下左图），当中包含二到多个文件不等，当中的内容包括作者在设计多色方案时完成的所有细节测试和策略说明（下右图）。

图1：OMIP-109文章Supporting Information内容展示（图片均源自WILEY online Library网页文章正文）

【OMIP_ISAC在线数据库的使用】

那么，如此丰富的资源肯定有一个在线数据库供大家查阅、补充和更新，此处为大家逐步介绍如何正确服用这副“流式良药”。

首先，进入OMIP_ISAC数据库界面后，我们会看到清晰的7类分栏：

分栏1的使用：直接搜索感兴趣的特定号码篇OMIP

在分栏1/OMIP中，我们能通过左上角的搜索框直接搜索想要跳转的OIMP-XXX文章，随后界面会呈现该篇文章所用样本类型、仪器信息以及指标列表。其中，指标列表中包含了抗体克隆号、货号、厂商信息、用量、孵育体系、所代表细胞亚群等细节信息;

当点进带绿框的指标，能进入另一分栏1/CDMaps Marker expression，这里我们能查阅每个指标在当篇文章中的不同细胞亚群的表达情况，比较有意思的是，若文中使用了多个克隆号的同指标抗体，还能看出检测水平的差异：

分栏2的使用：依据感兴趣指标搜索对应OMIP文章

对于没有明确想要查阅的OMIP文章，但有感兴趣的指标，可以点进分栏2/Reagent Table，输入想搜索的Antigen、Clone、Species等，如human CD3 antigen，此时界面便列举出曾在OMIPs系列出现过的所有相关条目；这一搜索功能对于想直接看某一货号产品的文献使用情况也是很适用哦~

分栏6的使用：依据感兴趣细胞群搜索对应OMIP文章

如果指标也不明确，只是想要了解细胞类型的话，那直接进入分栏6/Population进行细胞亚群搜索也能实现，如下图所示搜索与“Macrophage”有关的OMIP文章：

分栏3的使用：依据感兴趣样本类型搜索对应OMIP文章

除了指标和细胞群体搜索，对于感兴趣的样本类型也可以直接搜索哦，前面提到OMIPs系列收录了多个物种的信息，此处还能进一步细化样本类型和处理方式，从而找到更适配的OMIP文章。

分栏4的使用：任意关键词模糊搜索OMIP文章

如果以上的细化分栏觉得应用起来不够方便，只想通过单一关键词做模糊搜索，那么我们可以直接选择这个分栏——4/Search Text，在这里可输入任意细胞、Marker、样本的词汇，搜索结果会出来一系列相关的OMIP文章，点进一个bubble即可跳转获得该篇文章的具体信息。

怎么样？这一资源是否直戳您的心趴？事不宜迟，赶紧点进网页体验或者一键收藏吧~如果觉得信息有用，按下方小拇指为小编提供更多发掘好工具的动力吧！网页链接：https://public.tableau.com/app/profile/fanny2212/viz/OMIP_ISAC/Menu

 

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参考文献：

1. Roederer M, Tárnok A. OMIPs--Orchestrating multiplexity in polychromatic science. Cytometry A. 2010;77(9):811-812.

2. Park LM, Lannigan J, Low Q,Jaimes MC, Bonilla DL. OMIP-109: 45-color full spectrum flowcytometry panel for deep immunophenotyping of the majorlineages present in human peripheral blood mononuclear cellswith emphasis on the T cell memory compartment. Cytometry.2024;105(11):807–15