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【ChIP-seq】染色质制备-超声破碎Buffer的选择

作者:admin信息来源:达科为日期:2020年08月28日打印字体:  
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图1.ChIP实验原理图


ChIP-Seq技术是将ChIP与第二代测序技术相结合,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子、辅助因子等互作的DNA区段。

ChIP-Seq原理


首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。


图2.ChIP-seq实验流程图

ChIP-seq实验方案


01.

交联


交联通常利用甲醛来交联,甲醛交联DNA-蛋白质连接是可逆的。但甲醛通常不能有效地使未与DNA直接结合的蛋白质交联。例如,转录因子或辅因子先通过蛋白质-蛋白质相互作用再与DNA相互作用,而甲醛不能很好地使他们稳定交联。对于这样更复杂的交联或动态相互作用的复合物交联,应考虑使用其他交联剂来有效地稳定蛋白质。Diagenode的ChIPCross-link Gold与甲醛结合使用,是进行录因子或辅因子这种DNA-蛋白质相互作用的最佳选择。

02.

超声破碎


染色质制备是ChIP实验成功的中的关键。染色质制备的每个步骤(样本起始量,交联,细胞裂解、染色质片段化)都需要进行优化,以获得适合ChIP实验的染色质样本。高质量的染色质样本具有两个特征:合适的片段大小和易于识别的ChIP表位。

Diagenode提供染色质制备解决方案,Chromatin EasyShear试剂盒与Bioruptor超声破碎仪结合使用,可以有效裂解细胞并对染色质进行片段化,同时使表位易于被抗体识别,这对于高效完成染色质免疫沉淀至关重要。每个Chromatin EasyShear试剂盒都会根据特定实验需求提供优化的试剂和经过充分验证的实验方案。

Chromatin EasyShear Kit技术特点:

  • 经Bioruptor验证的高度优化的染色质制备方案;

  • 推荐用于在ChIP之前优化新细胞系/新样品类型的染色质片段化;

  • 在ChIP之前制备染色质的理想选择;

  • 试剂盒已通过ChIP-seq验证,证实可获得高质量的的染色质;

染色质制备是ChIP分析的第一步。我们为ChIP-seq实验提供完整和优化的解决方案,其中包括用于染色质制备的所有缓冲液。为了获得最佳结果,请选择所需的ChIP试剂盒,然后选择相应的Chromatin EasyShear试剂盒(以优化染色质片段化)。Chromatin EasyShear试剂盒可以独立于Diagenode的ChIP试剂盒使用,用于在ChIP实验之前进行染色质制备。



下期精彩预告:

【ChIP-seq】免疫沉淀-ChIP/ChIP-seq级别抗体选择


Diagenode公司2003年成立于比利时,是世界上生产表观遗传学产品的知名公司。是表观遗传学及二代、三代测序样本前处理专家,表观遗传学、生物样本制备和诊断、完整表观遗传学解决方案的领先供应商。

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