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新品丨TotalSeqTM B and C,我们不一样,不一样

作者:admin信息来源:达科为日期:2019年03月28日打印字体:  
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TotalSeqTM-B和TotalSeqTM-C告诉你

即便是双胞胎

也可以保持迥异风格


第二代高通量单细胞测序是将单个细胞中微量的转录组mRNA通过高效扩增后再进行高通量测序的技术。10X Genomics公司作为单细胞测序领域的黑马,采用基于微流控技术的单细胞系统,可实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因表达差异的检测,是适用于多种研究的黄金方法。而蛋白质,作为生命功能的执行者,其含量的变化在生物体的生长、应激、疾病发生发展中发挥重要的功能。但蛋白组水平的研究却远远低于转录组水平的研究,为此,BioLegend公司推出了TotalSeqTM系列产品。该产品可以通过高通量测序来分析单细胞水平的蛋白表达,在得到RNA信息的同时,也可以获得蛋白的信息,近期TotalSeqTM家族又添了新成员。

BioLegend公司在持续推出寡核苷酸偶联抗体,近期推出了TotalSeqTM-B和TotalSeqTM-C产品。TotalSeqTM-B是与10X Genomics公司最新的Feature Barcoding技术的Single Cell Gene Expression (3’ v3)相兼容,而TotalSeqTM-C抗体是与Feature Barcoding技术的Single Cell ImmuneProfiling (5’)相兼容。 TotalSeqTM-B和TotalSeqTM-C抗体不需要购买其它的试剂即可适用于10XGenomics公司的Feature Barcoding工作流程,可用更简单的实验满足您对基因表达和免疫分型进行同时分析的要求。而原有的TotalSeqTM-A抗体则适用于任何poly-dT寡核苷酸结尾的仪器及试剂盒,如10x Genomics Chromium v2v3试剂盒,此时必须额外购买用于制备ADT文库的试剂,另外还有Bio-Rad ddSeq, Fluidigm C1, Celsee Genesis, Drop-seq等其它仪器。

*注:N表示随机选择A, C, G或者T。所有Totalseq™-BCNYGC抗体都与10X基因组方案相兼容。符号*表示磷酸硫键,以防止核酸酶降解。

寡核苷酸序列由以下几部分组成,PCR引物,特异性标签序列(即特异性Barcode)以及Capture序列。Totalseq™-ABC如下:

TotalSeqTM-A

TotalSeqTM-B

TotalSeqTM-C

Totalseq™操作流程如下:

  • Totalseq™抗体标记细胞;
  • 在单细胞平台中连同Antibody-Derived Tags(ADT, 寡核苷酸偶联抗体)扩增;
  • ADT-derivedcDNA mRNA-derived cDNA分开;
  • 测序文库构建;
  • 测序。

Totalseq™-ABC系列产品,可以使用户同时得到转录组信息和免疫表型信息,其中独特的Cell Hashing抗体还可以帮助用户实现多重样本的检测。即通过一个泛指标(人的样本中使用的是CD298和β2 microglobulin,而小鼠的样本中使用的是CD45以及H-2 MHC class Ⅰ),给每份样本分别加上特定的Barcode标记,因此,多份样本在单细胞测序的环节可合成一个样本进行检测,在后期分析的时候又能通过特定barcode的序列特异性将每份样本分开,从而节约单细胞测序的成本。Cell Hashtag包含了不同于经典Totalseq™系列产品的扩增handle,使得Hashtag、免疫表型、mRNA文库可以独立的进行扩增和聚集,可以直接使用。

使用Totalseq™抗体,可以同步检测mRNA和蛋白质的表达量并进行联合分析,我们可以同时产生多重数据,降低实验的假阴性,并且可以增强细胞类型的识别。从而可以实现mRNA和蛋白质的互补和整合,全面阐释生物基因表达调控机制,对生物体疾病和应激机理进行分方位的分析,促进了生物医学的快速发展。

主要做单细胞测序需要知道几个内容:

  • 产品说明书,这个根据采购的货号来寻找;
  • Protocol (https://www.biolegend.com/protocols/cell-hashing-and-single-cell-proteogenomics-protocol-using-totalseq-antibodies/5009/);
  • 参考文献:CITEseq(https://www.nature.com/articles/nmeth.4380),REAPseq (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28854175),cellhashing(https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1603-1);
  • NYGC参考网站(https://cite-seq.com/),包含数据分析的资源;
  • 10X网站(https://www.10xgenomics.com/product-list/#single-cell),用来确认是否把Totalseq抗体需要的试剂配齐。
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