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mNGS快速鉴定人类鼻病毒,溯源医院感染暴发 | 儿科感染杂志

作者:admin信息来源:www.360zhyx.com日期:2017年07月11日打印字体:  
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导读:基于宏基因组的二代测序技术 (mNGS) 具有病原菌阳性检出率高、快速、无偏倚等特点,被用于探究疑难感染病的病因。本研究使用mNGS技术调查呼吸科人类鼻病毒 (HRV) 感染的暴发源头,推动mNGS监测和预防临床感染病暴发的临床转化。


原文引用:

Greninger, A. L., Waghmare, A., et al. (2017). Rule-Out Outbreak: 24-Hour Metagenomic Next-Generation Sequencing for Characterizing Respiratory Virus Source for Infection Prevention. Journal of the Pediatric Infectious Diseases Society, 6(2), 168-172. DOI:10.1093/jpids/pix019

原文链接:

https://academic.oup.com/jpids/article-lookup/doi/10.1093/jpids/pix019



1、事件描述

西雅图儿童医院对呼吸系统出现症状的患者采集鼻咽拭子,采用常规实验检测呼吸道病毒。在连续三周内,常规实验检出4例医院内HRV感染阳性患者,一例患者家属和护理人员出现轻微呼吸系统症状。4例患者SCH107、SCH108、SCH109和SCH110在HRV检测阳性前均因患有原发疾病已至少住院1个月,且病房相邻。其中SCH110确诊在第17-21天病情缓解后与SCH109同住,在第22天与SCH109均检出HRV阳性。医院怀疑出现HRV院内感染,采用mNGS技术以社区内出现的HRV阳性患者为对照进行样本的全基因组测序。

2、mNGS结果

在对4例案例和5例门诊患者的HRV全基因、其余门诊患者的部分基因组进行测序后,mNGS检出该16个样本内有15个 (94%) 样本含有HRV序列读数。结果表明在15例样本中有2例亲缘关系最近的HRV基因组可以溯源至172年前的共同祖先,它们之间的亲缘关系较远,因此排除了医院内HRV感染相继引发患者发病的忧虑。


3、mNGS溯源医院感染暴发,排除院内感染可能

mNGS从样本接收到进化分析的交付周期只有24h,可快速地进行病原菌的全基因组测序和各病例菌株之间的进化分析,判读HRV医院内或者社区内暴发与否,进而帮助医院和社区采取及时、有效的预防措施阻止或减缓疾病暴发。

本文由华大医学Micro-NGS感染频道提供,关注华大医学 (ID: bgidx-dyh) 公众号了解更多内容。

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